细菌选矿又叫细菌浸出，它是利用某些微生物的催化作用，使矿石中的金属溶解出来。例如，有一种铁氧化细菌，具有使元素硫氧化的能力，在溶液中能生成硫酸。还有一种叫铁氧化细菌，它具有把FeSO4加速氧化为Fe2(SO4)3的能力，使溶液中的Fe2(SO4)3含量大大增加。而H2O4及Fe2(SO4)3溶液都是硫化矿及其他矿物的有效溶剂。
例如，在多金属硫化矿中一般都含有黄铁矿，在有水和氧存在的条件下，黄铁矿缓慢氧化，并生成FeSO4与H2SO4,其反应式为：
铁氧细菌在有氧与硫酸存在的条件下，则用极快的速度把FeSO4氧化成Fe2(SO4)3，其反应式为：
Fe2(SO4)3能把矿物中的金属溶解出来，例如对辉铜矿作用时能生成CuSO4、FeSO4及S,其反应式为：
上式反应生成的FeSO4可有铁氧化细菌进行在氧化，生成Fe2(SO4)3.如果该反应在溶液中反复循环，浸出作用会不断进行。如果溶液中有硫氧化细菌存在时，则会使反应生成的S被硫氧化细菌氧化生成H2SO4,这时矿石的浸出作用更为有效，其反应式为：
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